故事發(fā)生在二十一世紀(jì)末的日本。魔法,這不是一個(gè)傳說,而是現(xiàn)代科學(xué)的一項(xiàng)技術(shù),它被應(yīng)用至今已經(jīng)過了一個(gè)世紀(jì)。曾經(jīng)被稱為“超能力”的先天具有的能力被以“魔法”這個(gè)名字的體系替代,高超的的魔法師被認(rèn)為是國家的實(shí)力力。西歷 2095 年的春天,新生入學(xué)的季節(jié)。國立魔法大學(xué)附屬第一高校——通稱“魔法科高?!?,是由成績(jī)優(yōu)秀的“一科生”,和作為一科生替補(bǔ)的“二科生”所構(gòu)成,他們也各自被冠上了“花冠(bloom)”,以及“雜草(weed)”之名。就在這樣的魔法科高校里,一對(duì)兄妹入學(xué)了。兄長是,擁有著缺陷的劣等生。妹妹是,完美無缺的的優(yōu)等生。無論什么事都抱著達(dá)觀態(tài)度的劣等生兄長,和對(duì)他抱著作為血親以上感情的優(yōu)等生妹妹。隨著這兩人進(jìn)入這間精英學(xué)校的大門,這平穩(wěn)的學(xué)院,也開始了騷亂的日常。